Calcul du Crédit d'Impôt Recherche : quelles dépenses pour votre CIR ?

Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) rembourse une partie des dépenses de recherche et développement d'une entreprise, sous forme de crédit d'impôt. Le taux est de 30 % sur les dépenses jusqu'à 100 millions d'euros et 50 % dans les départements d'outre-mer.

Cet article passe en revue les principales dépenses à intégrer dans le calcul du CIR, avec les règles pratiques à connaître pour sécuriser votre déclaration.

Les dépenses éligibles pour le Crédit d’Impôt Recherche

Les dépenses éligibles se répartissent en plusieurs catégories :

• le personnel de recherche
• les amortissements du matériel et des équipements affectés à la R&D
• les dépenses de fonctionnement, calculées automatiquement à partir des deux postes précédents
• la sous-traitance R&D, confiée à un organisme public ou à un prestataire privé agréé
• la protection de la propriété intellectuelle
• la veille technologique et la normalisation

Voici le détail de chaque poste, avec les règles à connaître et les pièges à éviter.

Le personnel de recherche

Deux profils sont valorisables : les chercheurs et les techniciens de recherche. Ce sont, dans la grande majorité des dossiers, le poste de dépense le plus important du CIR, et celui qui demande le plus de rigueur dans le suivi.

Un chercheur est un scientifique ou un ingénieur qui crée de nouvelles connaissances sur des produits, des procédés, des méthodes ou des systèmes. Un diplôme de niveau master ou équivalent suffit à justifier ce statut. Sans ce diplôme, un salarié ou un dirigeant peut tout de même être assimilé à un ingénieur si l'entreprise démontre qu'il est affecté à la recherche et qu'il a acquis des compétences correspondant à la nature de ses activités : ancienneté sur des fonctions techniques, formation interne, progression de poste.

Un technicien de recherche apporte le soutien technique nécessaire aux travaux, sous le contrôle des chercheurs : fabrication de prototypes, réalisation d'essais, mesures, collecte de données. Il n'a pas besoin d'un diplôme particulier. Sa technicité et son expérience suffisent à justifier son rôle dans le projet, à condition que ce rôle soit décrit avec précision dans le dossier justificatif.

Les deux profils sont valorisés de la même façon : par du temps passé sur des travaux de R&D, converti en coût. La différence entre les deux tient à la nature de la contribution (conception et résolution d'incertitudes pour le chercheur, mise en œuvre technique pour le technicien), pas au montant de leur rémunération.

Le temps de travail doit être suivi précisément

Seul le temps réellement passé sur des travaux de R&D est valorisable. Un salarié affecté à plein temps à la recherche est compté intégralement. Un salarié qui partage son temps entre la R&D et d'autres missions (production, support client, management) n'est compté qu'au prorata du temps réellement consacré à la recherche.

L'entreprise doit pouvoir démontrer ce temps avec précision : fiches de poste, organigramme, feuilles de temps tenues au fil de l'eau. Une simple estimation a posteriori ne suffit pas en cas de contrôle. Plus l'équipe R&D est petite ou polyvalente, plus ce suivi doit être détaillé, car l'administration porte une attention particulière aux profils qui cumulent plusieurs casquettes.

Ce suivi du temps sert aussi à documenter la réalité du projet : il permet de relier chaque heure valorisée à une tâche de recherche identifiable, ce qui facilite la justification du dossier en cas de demande de l'administration.

Le coût du personnel inclut plus que le salaire brut

Le coût horaire ou journalier d'un collaborateur s'obtient en divisant son coût total sur l'année par son temps de travail effectif. Ce coût total comprend le salaire, ses accessoires (primes, intéressement, participation) et les charges patronales obligatoires liées à ce salaire.

Ce calcul doit être refait chaque année, poste par poste, car le temps de travail effectif et le coût total d'un collaborateur évoluent d'un exercice à l'autre. Un coût horaire calculé une fois puis reconduit sans ajustement est une source fréquente d'erreur en cas de contrôle.

Les jeunes docteurs comptent double

Les dépenses de personnel liées à un jeune docteur sont prises en compte pour le double de leur montant pendant les 24 premiers mois suivant son premier recrutement. Deux conditions s'appliquent : le contrat doit être un CDI, et l'effectif de recherche de l'entreprise ne doit pas baisser par rapport à l'année précédente.

Le « premier recrutement » s'apprécie au niveau du docteur, pas de l'entreprise : c'est le premier CDI signé après l'obtention de son doctorat, quel que soit son pays d'origine. Un CDI de subsistance, sans lien avec le niveau du diplôme, ne compte pas comme premier recrutement. Un poste de fonctionnaire dans un organisme public, en revanche, prive définitivement le docteur de cet avantage.

Le matériel et les équipements

Le matériel neuf acheté pour des travaux de R&D est valorisable via son amortissement : machines, prototypes, installations pilotes. Le matériel acquis en crédit-bail est également éligible, sous réserve d'une attestation du crédit-bailleur précisant sa valeur d'acquisition et les amortissements appliqués.

Les règles changent quand le matériel est loué plutôt qu'acheté. Le détail est expliqué dans notre article sur le matériel de R&D loué.

Un coût ne doit jamais être valorisé deux fois. Si une entreprise choisit d'immobiliser un prototype en comptabilité, elle ne doit pas comptabiliser ce même coût une seconde fois via un amortissement lié à cette immobilisation.

Le matériel doit être comptabilisé avant la clôture de l'exercice sur lequel porte la déclaration. Passé ce délai, aucune correction en dotation aux amortissements n'est plus possible.

Les dépenses de fonctionnement

Ce poste couvre le personnel de soutien, les frais administratifs et les matières premières nécessaires à la R&D. Il est calculé automatiquement, sans avoir à détailler chaque dépense : 75 % des dotations aux amortissements, plus 43 % de la masse salariale des chercheurs et techniciens. Pour les jeunes docteurs, ce taux passe à 200 % de leurs dépenses de personnel.

La sous-traitance R&D

Les travaux confiés à un organisme de recherche public sont éligibles sans condition d'agrément, et leur montant peut même être compté en double dans certains cas. Les travaux confiés à un organisme privé ou à un expert indépendant nécessitent en revanche un agrément délivré par le ministère chargé de la Recherche, valable trois ans.

Seules les dépenses correspondant à de véritables opérations de R&D, décrites de façon spécifique, sont éligibles. Une prestation qui se limite à de l'exécution ou à de l'intégration, sans lever d'incertitude technique, ne l'est pas. Le rôle du prestataire doit pouvoir s'expliquer simplement : sur quelle incertitude a-t-il travaillé, quelles hypothèses a-t-il testées, quels résultats a-t-il produits.

Un même consultant peut intervenir de deux façons différentes : en régie, sous la direction de l'entreprise (pas d'agrément requis), ou au forfait, comme un véritable sous-traitant (agrément requis). La distinction dépend de la nature du contrat, pas du niveau d'expertise du consultant.

La sous-traitance est le sujet qui génère le plus de questions et d'erreurs de déclaration. Plusieurs de nos articles y sont consacrés :

• comment obtenir l'agrément CIR/CII et dans quels cas il est obligatoire
• comment démontrer la contribution réelle d'un consultant aux travaux de R&D
• comment sécuriser votre déclaration en tant que donneur d'ordre
• la différence entre assistance technique et sous-traitance

La propriété intellectuelle

Les frais liés aux brevets et aux Certificats d'Obtention Végétale (COV) sont éligibles : dépôt, frais de mandataire, taxes de délivrance et de maintien en vigueur. Ces frais comptent que l'entreprise soit propriétaire du titre ou simple concessionnaire. Les dessins, modèles et marques ne le sont pas.

Les frais de défense d'un brevet ou d'un COV (frais de justice, personnel juridique mobilisé) sont également valorisables, sans limite territoriale. L'assurance qui couvre ces litiges est éligible dans la limite de 60 000 € par an.

En cas de contrôle, l'entreprise doit pouvoir présenter les factures de dépôt et de maintenance, les justificatifs des frais de défense, et le contrat de cession pour chaque titre concerné.

La veille technologique et la normalisation

Suivre l'actualité scientifique de votre secteur est valorisable dans la limite de 60 000 € par an : abonnements à des revues, bases de données, études technologiques, participation à des congrès. Cette dépense doit toujours être rattachée à un travail de recherche identifié.

Ce poste a fait l'objet de clarifications récentes de l'administration. Le détail est expliqué dans notre article sur l'éligibilité de la veille technologique.

Participer aux réunions officielles des organismes de normalisation est également valorisable, mais seulement pour moitié du montant engagé, et uniquement lorsque l'entreprise est représentée par ses propres salariés.

Les subventions et les honoraires de conseil

Une subvention publique perçue sur le même projet (Bpifrance, Union européenne, région) doit être déduite de l'assiette du CIR avant application du taux, afin d'éviter un double financement.

Les honoraires de conseil proportionnels au montant du CIR obtenu (rémunération au résultat) doivent aussi être déduits. Au-delà de 15 000 € hors taxes, le montant total des honoraires de conseil est déduit dans les mêmes conditions.

Deux articles détaillent ces règles : subventions publiques et déduction de l'assiette et le cas particulier des aides Bpifrance.

Pour savoir plus sur les dépenses non-éligibles au CIR, voici notre article dédié : Quelles dépenses ne sont pas éligibles au crédit d’impôt recherche ?

Points clés à retenir

• Le personnel de recherche (chercheurs et techniciens) est valorisé au prorata du temps réellement passé sur la R&D, avec un suivi précis à l'appui.
• Les jeunes docteurs comptent double pendant 24 mois, sous conditions de CDI et de maintien de l'effectif de recherche.
• Le matériel neuf compte via l'amortissement, mais un même coût ne doit jamais être valorisé deux fois.
• La sous-traitance dépend du statut du prestataire : organisme public sans condition, organisme privé avec agrément obligatoire.
• Propriété intellectuelle, veille technologique et normalisation sont éligibles avec des plafonds précis à respecter.
• Les subventions publiques et les honoraires de conseil proportionnels doivent être déduits de l'assiette.

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