Agréments CIR et CII : quel est l'essentiel à savoir ?

"Nos ingénieurs ont déjà du mal à documenter leurs projets de R&D pour le Crédit d'Impôt Recherche. Maintenant, vous me dites qu'on doit aussi obtenir un agrément pour nos sous-traitants ?"

Cette réaction, nous l'entendons régulièrement de la part de DAF. L'agrément est pourtant ce qui décide si les travaux confiés à un prestataire entrent ou non dans votre assiette de crédit d'impôt, et une erreur sur ce point peut coûter l'intégralité du crédit correspondant.

Cet article détaille ce qu'est un agrément CIR ou CII, qui peut l'obtenir, comment le demander, quelles échéances respecter et quelles limites s'appliquent à vos dépenses sous-traitées.

Qu'est-ce qu'un agrément CIR ou CII ?

L'agrément CIR et l'agrément CII sont des reconnaissances officielles délivrées à un prestataire de R&D ou d'innovation. Elles attestent qu'il a la capacité de mener des travaux éligibles pour le compte de tiers.

Elles profitent surtout à ses clients : une entreprise qui sous-traite des travaux de R&D ou d'innovation ne peut les inclure dans son assiette de crédit d'impôt que si le prestataire est agréé. Sans agrément, ces dépenses sont exclues, quels que soient le sérieux du prestataire et la qualité des travaux.

L'agrément CIR

Délivré par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche après une expertise scientifique et technique, il atteste que le prestataire peut mener des opérations de recherche conformes aux critères du Crédit Impôt Recherche (CIR).

L'agrément CII

Il confirme qu'un prestataire est apte à concevoir des prototypes ou des installations pilotes de produits nouveaux, ce qui rend ses prestations éligibles au Crédit d'Impôt Innovation (CII). Demandé seul, il est instruit par l'administration chargée de l'industrie, c'est-à-dire la direction générale des entreprises (DGE). Demandé avec un agrément CIR, il est traité par le ministère de la Recherche.

Exemple

Entreprise A, scale-up deeptech, confie 400 000 € HT de travaux de R&D à un laboratoire privé agréé CIR pour l'année concernée, ses autres dépenses de R&D dépassant largement le tiers de ce montant. Ces dépenses entrent dans son assiette et, au taux de 30 %, génèrent 120 000 € de CIR.

Entreprise B confie le même montant à un prestataire dont l'agrément ne couvre pas l'année de facturation : la ligne est exclue de l'assiette, soit 120 000 € de crédit d'impôt perdus pour un travail identique.

Quelles structures peuvent être agréées ?

Les prestataires concernés sont plus variés qu'on ne l'imagine. Ils peuvent être établis en France, dans un autre État de l'Union européenne ou dans un État de l'Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative en matière fiscale.

Peuvent notamment être agréés :

• Les organismes privés (sociétés, GIP, associations exerçant une activité commerciale, stations ou fermes expérimentales) et les experts scientifiques ou techniques indépendants, qui doivent démontrer leur aptitude à réaliser des projets de R&D ou d'innovation ;
• Les fondations de coopération scientifique et les fondations reconnues d'utilité publique du secteur de la recherche ;
• Les structures de valorisation (comme les SATT), les centres de ressources technologiques et les structures de recherche sous contrat ;
• Les organismes publics de recherche (EPST, EPIC, EPA, CHU) et les établissements d'enseignement supérieur délivrant un diplôme de niveau master ;
• Les instituts techniques agricoles et agro-industriels, ainsi que les communautés d'universités et établissements ;
• Les bureaux de style et les stylistes, pour les dépenses de création de collections.

Chaque catégorie dispose de sa propre procédure de demande ; celle décrite plus bas vise les organismes de droit privé, qui forment le gros des prestataires R&D sollicités par les entreprises innovantes.

Comment vérifier qu'un prestataire est agréé ?

Cette vérification vous incombe en tant que donneur d'ordre. Le prestataire doit être agréé au moment où vous lui confiez les travaux, et la décision d'agrément couvrant l'année concernée doit figurer dans votre dossier justificatif.

La liste des prestataires agréés est publiée en open data par le ministère de la Recherche, consultable par année. Un prestataire peut demander à ne pas y figurer ; dans ce cas, demandez-lui directement une copie de sa décision.

Avant de signer, contrôlez systématiquement que :

• L’agrément correspond à la nature des travaux, CIR pour de la recherche, CII pour de l'innovation ;
• L’année de réalisation des travaux est couverte, l'agrément étant attribué par année civile entière ;
• L’entité qui signe le contrat est bien celle qui est agréée ;
• La décision d'agrément est archivée dans votre dossier.

Comment obtenir l'agrément ?

La demande d'agrément vise à faire reconnaître la capacité d'un prestataire à réaliser des travaux de R&D ou d'innovation éligibles pour des tiers. La procédure est exigeante et repose sur une démonstration technique et organisationnelle solide.

1. La préparation du dossier technique et administratif

Le prestataire doit avoir mené, dans l'année précédant sa demande, une opération de recherche scientifique et technique sous sa responsabilité. Il doit avoir défini lui-même la démarche scientifique et réalisé les travaux avec ses propres moyens, et justifier d'un rôle important et avéré dans l'opération présentée.

Le dossier décrit cette opération : verrou scientifique ou technique, état de l'art, démarche suivie, résultats obtenus. Il présente aussi les moyens humains (ingénieurs, chercheurs, techniciens, nombre de docteurs et contribution de chacun) et les moyens matériels, en précisant comment le prestataire y accède s'il ne les détient pas lui-même. Le dossier est rattaché à un domaine scientifique de la nomenclature officielle, ce qui détermine l'expert chargé de l'évaluer.

2. Le dépôt de la demande

La demande se dépose en ligne : dans l'application CIROCO du ministère de la Recherche pour un agrément CIR, seul ou combiné avec le CII, et auprès de la DGE pour un agrément CII demandé seul. Le dossier se renseigne directement dans l'outil, ce qui impose des réponses concises et structurées. Les pièces peuvent être rédigées en français ou en anglais.

Choisissez un seul canal de dépôt et respectez les formats demandés : une demande incomplète ou déposée hors calendrier retarde l'instruction, voire la fait basculer sur l'année suivante.

3. L'instruction et l'évaluation

Les services instructeurs, appuyés par un expert scientifique, évaluent la réalité des travaux déclarés, la capacité du prestataire et la cohérence d'ensemble du dossier. Des demandes de compléments sont possibles, auxquelles il faut répondre de manière argumentée.

Pour le CIR, le ministère indique un délai moyen de traitement de huit mois, décompté à partir du moment où le dossier est complet. Pour un agrément CII demandé seul, l'instruction est généralement plus rapide, de quelques semaines pour un dossier complet à plusieurs mois si le dossier est incomplet ou complexe.

4. La décision et ses conséquences

L'administration notifie son choix : octroi de l'agrément pour une durée déterminée, ou refus motivé. Une fois l'agrément obtenu, le prestataire peut faire bénéficier ses clients du CIR ou du CII sur les dépenses facturées. En cas de refus, l'analyse des motifs permet de retravailler le positionnement et de préparer une demande plus solide.

Quelles sont les échéances à respecter ?

Les fenêtres de dépôt sont fixes et ne dépendent pas de la date de clôture de l'entreprise :

• Première demande d'agrément CIR : entre le 1er janvier et le 31 mars de l'année demandée ;
• Renouvellement d'agrément CIR : entre le 15 août et le 30 novembre de la dernière année couverte par l'agrément ;
• Première demande et renouvellement d'agrément CII : avant le 30 septembre.

Une première demande CIR déposée après le 31 mars ne couvre pas l'année en cours : l'agrément est alors accordé à compter de l'année suivante. Le ministère recommande par ailleurs de ne pas attendre la fin de la période pour déposer, ce qui est particulièrement vrai pour un renouvellement, puisque le délai moyen de huit mois dépasse largement l'écart entre un dépôt à l'ouverture et un dépôt à la clôture de la fenêtre.

Bon à savoir

Les demandes CIR et CII peuvent être déposées en même temps. Un prestataire déjà agréé CIR peut aussi obtenir l'agrément CII à sa demande, sans dossier technique spécifique, tant que son agrément CIR reste valide. Pour une première demande conjointe, mieux vaut viser la fenêtre du CIR, qui se referme la première.

Les dates de déclaration du crédit d'impôt, elles, suivent un autre calendrier, détaillé dans notre article sur les dates limites CIR et CII.

Combien de temps un agrément est-il valable ?

La durée de validité suit une règle unique pour le CIR et le CII :

• Trois ans dans le cas général ;
• Un an si le prestataire n'a achevé aucune opération de recherche dans les douze mois précédant sa demande ;
• Cinq ans à partir de la quatrième demande (troisième renouvellement), à condition que le prestataire soit agréé de façon continue depuis au moins neuf ans et qu'il ait achevé une opération de recherche dans les douze mois précédant la demande.

Le renouvellement n'est jamais automatique : il repose sur un dossier construit comme une première demande et examiné dans les mêmes conditions.

Quelles limites s'appliquent aux dépenses sous-traitées ?

Un prestataire agréé ne vous donne pas droit à une assiette illimitée. Côté CIR, trois règles encadrent le montant que vous pouvez retenir :

• Un plafond global de 10 millions d'euros de dépenses sous-traitées, ramené à 2 millions d'euros en cas de lien de dépendance entre le donneur d'ordre et le prestataire ;
• Une limite de trois fois le montant de vos autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt, ce qui suppose d'engager en interne au moins le tiers du montant externalisé pour le retenir en totalité ;
• Un rattachement des travaux sous-traités à une opération de R&D que vous menez vous-même.

Les montants se déclarent hors taxe et se rattachent à l'année où les travaux sont engagés, le plus souvent l'année de facturation. Le donneur d'ordre les reporte sur l'annexe 2069-A-2-SD de sa déclaration 2069-A-SD, tandis que le prestataire agréé déduit de la base de son propre CIR les sommes reçues pour ces travaux.

Pour les dépenses exposées depuis le 1er janvier 2020, le prestataire de premier rang doit réaliser les travaux avec ses propres moyens. Il ne peut recourir à d'autres organismes que par exception, pour certains travaux indispensables.

Exemple

Entreprise C engage 300 000 € de dépenses de recherche en interne et confie 1 500 000 € HT à un laboratoire agréé, sans lien de dépendance. Ses dépenses sous-traitées sont retenues dans la limite de trois fois ses autres dépenses, soit 900 000 €. Au taux de 30 %, le CIR sur ce poste s'élève à 270 000 €, et les 600 000 € restants ne génèrent aucun crédit d'impôt.

Quels pièges éviter ?

Premier piège : contrôler l'agrément trop tard

Découvrir lors d'un contrôle qu'un prestataire n'était pas agréé sur l'année de réalisation des travaux revient à perdre le crédit d'impôt sur la ligne concernée. Vérifiez l'agrément avant la signature du contrat, puis à chaque nouvelle année de collaboration.

Deuxième piège : confondre agrément CIR et agrément CII

Un agrément CIR n'emporte pas automatiquement un agrément CII. Si vous sous-traitez des travaux d'innovation, assurez-vous que le prestataire détient bien le second, ou qu'il le demande sans attendre.

Notre guide sur la sous-traitance CII pour le donneur d'ordre détaille les points de vigilance côté client.

Troisième piège : une chaîne de sous-traitance trop longue

Un prestataire agréé qui confie lui-même l'essentiel des travaux à un tiers ne respecte pas l'exigence de réalisation avec ses propres moyens. Demandez dès la contractualisation qui réalise effectivement les travaux, et prévoyez les cas où une partie serait confiée à un autre organisme.

Quatrième piège : déposer tard avec un dossier recopié

Pour un prestataire, un dossier de renouvellement qui reprend à l'identique la demande initiale expose à des demandes de compléments, donc à des délais supplémentaires. Nous recommandons systématiquement d'actualiser le dossier avec les opérations réalisées sur la période écoulée, et de le déposer dès l'ouverture de la fenêtre.

Pourquoi faire appel à un expert ?

Le financement de l'innovation repose sur des critères techniques, fiscaux et documentaires exigeants, souvent sous-estimés par les entreprises. Un expert ne se contente pas de monter un dossier ; il sécurise une démarche à fort enjeu financier, que vous soyez prestataire ou donneur d'ordre.

Le rôle de l'expert est essentiel pour :

• Co-construire le dossier technique avec vos équipes, en formalisant verrous, démarche expérimentale et résultats dans un langage opposable en cas de contrôle ;
• Économiser plusieurs dizaines d'heures de travail interne sur la structuration, la rédaction et la coordination des démarches ;
• Sécuriser les montants déclarés grâce à la connaissance des textes, de la doctrine administrative et des pratiques de contrôle ;
• Arbitrer entre opportunité financière et robustesse du dossier, pour ne déclarer que ce qui est défendable ;
• Assurer un suivi sur tout le cycle : anticipation des délais, réponses à l'administration, assistance en cas de rescrit ou de contrôle.

Questions fréquentes

Mon prestataire est agréé CIR : puis-je aussi déclarer ses travaux au CII ?

Pas automatiquement. L'agrément CII est distinct, mais un prestataire déjà agréé CIR peut l'obtenir à sa demande, sans dossier spécifique, tant que son agrément CIR est en cours de validité.

Que se passe-t-il si mon prestataire n'est pas agréé ?

Les dépenses correspondantes sont exclues de votre assiette de crédit d'impôt. D'où l'intérêt de vérifier l'agrément avant de contractualiser, plutôt que de découvrir le problème au moment de la déclaration ou d'un contrôle.

Un prestataire étranger peut-il être agréé ?

Oui, s'il est établi dans l'Union européenne ou dans un État de l'Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative en matière fiscale. Le ministère met à disposition une version anglaise du formulaire, et les pièces peuvent être fournies en français ou en anglais.

Points clés à retenir

• L'agrément CIR/CII conditionne l'intégration des dépenses de sous-traitance R&D et innovation dans votre assiette, et s'attribue par année civile entière.
• La vérification de l'agrément incombe au donneur d'ordre, avant la signature du contrat, avec une copie de la décision archivée.
• Les échéances sont fixes : 1er janvier-31 mars pour une première demande CIR, 15 août-30 novembre pour un renouvellement CIR, avant le 30 septembre pour le CII.
• Comptez en moyenne huit mois d'instruction pour un agrément CIR : déposez dès l'ouverture de la fenêtre.
• La durée de validité va d’un à cinq ans selon l'historique du prestataire, trois ans étant le cas général, et le renouvellement n'est jamais automatique.
• Les dépenses sous-traitées sont plafonnées : 10 millions d'euros (2 millions en cas de lien de dépendance) et trois fois vos autres dépenses de recherche.
• Un agrément CIR n'emporte pas agrément CII, mais le second peut être demandé sans dossier technique spécifique par un prestataire déjà agréé CIR.

Une méthodologie structurée permet de sécuriser votre demande d'agrément, ou la vérification de celui de vos prestataires, et de limiter les risques de refus ou de redressement. Vous souhaitez vérifier si vos projets sont éligibles ? Contactez nos experts pour un diagnostic CIR gratuit et confidentiel, ou consultez notre ebook CIR et notre ebook CII.