Les dépenses de l'exercice N-1 sont-elles encore éligibles au CIR ?

Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) constitue l'un des principaux dispositifs de soutien à l'innovation en France. 

Pourtant, de nombreuses sociétés passent à côté d'une partie de leurs droits. Certaines découvrent tardivement que des travaux réalisés l'année précédente répondaient bien aux critères du CIR. D'autres n'ont pas eu le temps de constituer leur dossier technique avant le dépôt de leur liasse fiscale.

La question est donc essentielle pour un CEO ou un directeur administratif et financier : est-il encore possible de bénéficier du CIR pour des dépenses engagées au cours de l'exercice fiscal N-1 ?

La réponse est oui, mais elle suppose de respecter des conditions précises et de maîtriser les règles applicables en matière de déclaration fiscale. On fait le point.

Les dépenses engagées sur l'exercice N-1 peuvent-elles encore ouvrir droit au CIR ?

Oui. Le CIR est calculé à partir des dépenses de recherche exposées au cours d'un exercice déterminé, conformément à la doctrine fiscale.

Lorsqu'une entreprise n'a pas déclaré tout ou partie de ses dépenses éligibles lors de sa déclaration initiale, elle peut encore solliciter le bénéfice du CIR au moyen d'une déclaration rétroactive, sous réserve que le délai légal ne soit pas expiré.

Retenez bien ceci : 

Pour une entreprise clôturant son exercice au 31 décembre, les dépenses de recherche engagées en année N-1 peuvent généralement encore être déclarées jusqu'au 31 décembre de la deuxième année suivant leur déclaration fiscale. 

Par exemple, des dépenses réalisées en 2024 peuvent, dans la plupart des cas, être régularisées jusqu'au 31 décembre 2027. Passé ce délai, le bénéfice du CIR est perdu. 

Le piège des exercices déficitaires

Si l'entreprise était en déficit en 2024 et qu'elle reporte ce déficit, le délai de reprise de l'administration est prolongé. Mais qu'en est-il du délai de déclaration de l'entreprise ? Il est important de rappeler que le délai court à partir de l'année d'exposition de la dépense, peu importe le résultat fiscal.

Quels sont les délais pour régulariser une déclaration de CIR ?

La possibilité de corriger une déclaration n'est pas illimitée. Les demandes de restitution ou de rectification sont encadrées par les délais de déclaration prévus par le Livre des procédures fiscales.

Ce mécanisme permet ainsi de récupérer un CIR oublié sur un exercice précédent lorsque les conditions sont réunies.

Notre avis Myriad 

Toutefois, attendre la dernière échéance constitue rarement une bonne stratégie. Plus le temps passe, plus il devient difficile de reconstituer les éléments scientifiques, les feuilles de temps des chercheurs ou les documents permettant de démontrer la réalité des travaux.

Pour un dirigeant, la réalisation d'un audit des exercices récents peut donc constituer une source de financement immédiate tout en limitant les risques liés à une documentation incomplète. 

Comment fait-on en pratique ?

En clair : 

• Avant la liquidation de l'impôt (ou très peu de temps après) : Le dépôt d'une liasse rectificative via le formulaire 2069-RCI.
• Après la liquidation : L'obligation de passer par une réclamation contentieuse formelle (via la messagerie sécurisée d'impots.gouv ou par courrier) via l'article R* 196-1 du LPF, accompagnée du formulaire 2069-RCI et du calcul de la créance.

Quelles dépenses peuvent encore être valorisées après la clôture de l'exercice ?

Le fait qu'une dépense soit déclarée après la clôture de l'exercice ne modifie pas sa nature. Elle doit toujours répondre aux critères du CIR. 

Peuvent notamment être concernées :

• les rémunérations et les charges sociales des chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D ;
• les dotations aux amortissements des immobilisations corporelles ou incorporelles affectées directement aux opérations de recherche ;
• les dépenses de recherche confiées à des organismes de recherche publics ou privés agréés, dans les conditions et plafonds prévus par la réglementation ;
• les dépenses de fonctionnement, déterminées forfaitairement à hauteur de 75 % des dotations aux amortissements éligibles et de 40 % des dépenses de personnel éligibles pour les dépenses exposées.
• les dépenses relatives aux opérations de normalisation des produits exposées par les entreprises industrielles ;
• les rémunérations supplémentaires et les justes prix versés aux salariés auteurs d'une invention résultant d'opérations de recherche.

Comment prouver le temps passé ? 

Pour sécuriser votre déclaration, vous devez être capable de reconstituer les temps passés par votre personnel R&D sur les projets de R&D grâce à des preuves matérielles et datées de l'époque :

• Des extraits de gestion de projet (tickets Jira, sprints, plannings réels d'époque) ;
• Des historiques de lignes de code (logs de commits Git ou SVN nominatifs et horodatés) ;
• Des comptes-rendus de réunions techniques ou des livrables intermédiaires validés.

À l'inverse, les dépenses relevant uniquement de l'amélioration courante d'un produit ou d'une adaptation commerciale demeurent exclues, même si elles ont été oubliées lors de la déclaration initiale.

Pourquoi la documentation scientifique reste-t-elle indispensable ?

L'un des principaux écueils rencontrés lors des régularisations concerne la preuve de l'éligibilité.

La doctrine administrative insiste sur la nécessité pour l'entreprise de pouvoir démontrer le caractère scientifique ou technique de ses travaux ainsi que l'existence d'une véritable démarche de recherche.

Cette démonstration repose sur un dossier comprenant notamment :

• l'état de l'art au lancement du projet ;
• les verrous scientifiques ou techniques rencontrés ;
• les travaux réalisés pour les lever ;
• les résultats obtenus ;
• les ressources humaines mobilisées ;
• les justificatifs comptables associés.

Une déclaration déposée dans les délais mais insuffisamment documentée reste susceptible d'être remise en cause lors d'un contrôle fiscal.

Cas pratique : L’Entreprise A réalise en 2026 un audit approfondi de ses dépenses de R&D. Elle identifie 100 000 € de salaires d'ingénieurs qui ont été totalement omis lors de sa déclaration fiscale initiale.

Scénario 1 : L'oubli concerne l'exercice 2024 (Dépenses historiques). 

Bien que la déclaration soit déposée en 2026 (soit après la réforme fiscale), la loi impose d'appliquer les règles en vigueur l'année de l'engagement des dépenses. L'Entreprise A applique donc le taux de fonctionnement historique de 43 %. L'assiette retenue est de 143 000 €, ce qui génère un gain CIR récupéré de 42 900 € de trésorerie nette.

Scénario 2 : L'oubli concerne l'exercice 2025 (Dépenses après le 15 février). 

Si ces mêmes salaires ont été engagés après l'entrée en vigueur de la réforme, c'est le nouveau forfait de 40 % qui s'applique. L'assiette retenue tombe à 140 000 €, générant un gain CIR de 42 000 €.

Cet exemple démontre parfaitement la règle d'or de la rétroactivité : ce sont les règles de l'année de la dépense qui s'appliquent, et non celles de l'année de la déclaration. L'Entreprise A récupère ainsi l'intégralité de son cash sur la base des taux les plus avantageux de l'époque.

Pourquoi les évolutions récentes du CIR doivent-elles être prises en compte lors d'une déclaration ?

Lorsqu'une entreprise dépose une déclaration rectificative, elle ne doit pas appliquer les règles en vigueur au moment de cette régularisation, mais celles applicables à la date à laquelle les dépenses ont été engagées.

Concrètement, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025, plusieurs catégories de dépenses ne sont plus éligibles, notamment les dépenses de veille technologique, les frais liés aux brevets ainsi que le dispositif de majoration des dépenses de personnel relatives aux jeunes docteurs. Par ailleurs, le forfait de dépenses de fonctionnement calculé sur les dépenses de personnel est passé de 43 % à 40 %.

À l'inverse, une entreprise qui régularise aujourd'hui un CIR relatif à un exercice antérieur au 15 février 2025 doit appliquer les règles en vigueur à cette période. Elle peut donc, lorsque les conditions étaient réunies, valoriser des dépenses qui ne seraient plus éligibles aujourd'hui.

Pourquoi un audit des exercices précédents constitue-t-il une opportunité financière ?

De nombreuses entreprises n'identifient leur éligibilité au CIR qu'après la clôture de leurs comptes.

Les équipes techniques n'ont pas toujours conscience que leurs travaux relèvent de la recherche au sens fiscal, tandis que les directions financières privilégient souvent une approche prudente en l'absence de dossier scientifique suffisamment documenté.

Un audit rétrospectif permet de rapprocher les travaux réalisés des critères du CIR et d'identifier des dépenses qui n'ont jamais été valorisées.

Imputation ou remboursement immédiat : comment récupère-t-on concrètement le cash ?

Une fois la déclaration validée par l’administration fiscale, la question cruciale pour votre trésorerie est de savoir quand et comment l'argent va arriver sur votre compte bancaire. Le mode de récupération dépend directement du statut de votre entreprise :

• Vous êtes une PME (au sens européen), une Jeune Entreprise Innovante (JEI) ou une start-up de moins de 5 ans : Vous bénéficiez du remboursement immédiat. 

En parallèle de votre réclamation, vous devez joindre une demande de remboursement de crédit d'impôt (formulaire n° 2573-SD). L’administration vous versera directement le montant validé par virement bancaire, généralement sous quelques semaines à quelques mois selon la complexité du dossier.

• Vous êtes une ETI ou une grande entreprise : Le fonctionnement est différent. Le CIR "oublié" et récupéré devient une créance sur l'État. Elle s'impute en priorité sur l'Impôt sur les Sociétés (IS) que vous devez payer au titre de l'exercice en cours et des années suivantes. Si vous ne payez pas d'IS (ou pas assez pour tout absorber), le solde non imputé ne vous sera remboursé en cash qu'à l'expiration d'un délai de 3 ans.

À noter 

Même si vous êtes une grande entreprise, cette créance de CIR à venir n'est pas "gelée" pendant 3 ans. Elle possède une valeur financière réelle et peut, dans certains cas, être cédée à un établissement bancaire pour obtenir une avance de trésorerie immédiate.

Omission vs Premier CIR : peut-on déclarer si on part de zéro ?

Une idée reçue consiste à croire que la déclaration rétroactive n'est possible que pour corriger une erreur à la marge, par exemple pour ajouter quelques factures oubliées à un dossier CIR déjà déposé.

C'est faux. La déclaration rétroactive est parfaitement légitime même si vous n'aviez absolument pas déclaré de CIR sur l'année concernée.

Fiscalement, l'administration traite ces deux situations de la même manière :

• L'optimisation (le correctif) : Vous aviez déclaré 50 000 € de CIR, vous vous rendez compte que vous avez oublié des ingénieurs éligibles, vous demandez 20 000 € de plus.
• La révélation (la création ex nihilo) : Vous pensiez que votre entreprise ne faisait pas de R&D, ou vous n'aviez pas le temps de vous en occuper. Vous déposez aujourd'hui un dossier complet pour récupérer 70 000 € sur un exercice où la case "CIR" était initialement restée vide.

Dans les deux cas, le droit à l'erreur s'applique pleinement. La seule différence réside dans la posture de l'administration fiscale : partir d'une page blanche pour un exercice passé déclenchera une analyse rigoureuse de votre dossier. Il est donc d'autant plus crucial de bâtir un dossier technique et financier d'une solidité irréprochable.

Points clés à retenir 

• Le droit à l'erreur est total : Une dépense de recherche (CIR) oubliée n'est pas perdue. Vous pouvez déposer une réclamation pour récupérer ce cash jusqu'au 31 décembre de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration initiale.
• La règle de l'année de la dépense prime : Les dépenses sont analysées selon la loi en vigueur au moment où elles ont été engagées, et non au moment de la déclaration. Pour vos oublis sur l'exercice 2024, vous conservez donc le taux de fonctionnement historique de 43 % et l'éligibilité de la veille technologique et des brevets.
• Attention au nouveau barème post-février 2025 : Si vos oublis concernent des projets menés après le 15 février 2025, les nouvelles restrictions s'appliquent : le forfait de fonctionnement passe à 40 % et les frais de veille technologique ou de brevets sont définitivement exclus du calcul.
• Pas d'improvisation sur les preuves : L'administration fiscale se montre particulièrement pointilleuse sur les dossiers rétroactifs. 
• Deux vitesses pour récupérer la trésorerie : Une fois la déclaration validée, le cash arrive “immédiatement” sur le compte bancaire des PME, start-ups et JEI. Pour les ETI et grandes entreprises, la créance s'impute d'abord sur l'IS futur ou est remboursée au bout de 3 ans.
• Pour aller plus loin, voici notre Ebook CIR.

FAQ

Les dépenses de recherche réalisées en N-1 sont-elles automatiquement éligibles au CIR ?

Non. Elles doivent répondre aux critères définis par le Code général des impôts et être justifiées par une documentation scientifique et financière suffisante.

Une entreprise peut-elle corriger une déclaration de CIR oubliée ?

Oui, sous réserve que le délai de déclaration prévu par la réglementation fiscale ne soit pas expiré.

Les règles applicables sont-elles celles en vigueur au moment de la régularisation ?

Non. Les dépenses doivent être analysées au regard des dispositions applicables à la date à laquelle elles ont été exposées.

Une déclaration rectificative augmente-t-elle le risque de contrôle fiscal ?

Une régularisation n'entraîne pas automatiquement un contrôle. En revanche, elle doit être accompagnée d'un dossier technique et financier suffisamment robuste pour justifier les dépenses déclarées.

Pourquoi réaliser un audit des exercices antérieurs ?

Parce qu'il permet d'identifier des dépenses de recherche non valorisées, d'améliorer la trésorerie de l'entreprise et de renforcer la sécurisation des futurs dossiers de CIR.

Les dépenses de recherche engagées au cours de l'exercice fiscal N-1 peuvent encore ouvrir droit au Crédit d'Impôt Recherche lorsqu'elles n'ont pas été déclarées initialement et que le délai de réclamation reste ouvert. Pour les dirigeants, cette possibilité représente un levier financier souvent sous-estimé, à condition de disposer d'une documentation scientifique et comptable solide.

Les entreprises qui sécurisent durablement leur périmètre consultants ont simplement pris l’habitude d’archiver ce qu’elles font déjà. Si vous souhaitez vérifier la solidité de votre dossier ou sécuriser votre prochain CIR, contactez nos experts pour un diagnostic gratuit et confidentiel.