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Contactez-nousPremière demande ou renouvellement, l'agrément CII doit être déposé avant le 30 septembre. Délais, dossier à constituer et conséquences d'un retard.
Manager en fiscalité de la recherche – France
Publié le: 01/09/2026
5 minutes de lecture
Les DAF qui pilotent plusieurs dossiers de sous-traitance en R&D et innovation doivent tenir compte d’une échéance importante ce mois-ci : les demandes d’agrément CII doivent être déposées avant le 30 septembre afin que les coûts des prestataires puissent être inclus.
Cet article fait le point sur l'échéance du 30 septembre pour l’agrément Crédit d'Impôt Innovation (CII) : ce qu'elle couvre, ce qui distingue une première demande d'un renouvellement, et ce qu'il en coûte de la manquer.
L'agrément CII est délivré par la direction générale des entreprises. Il atteste qu'un prestataire est en mesure de mener des travaux de conception de prototypes ou d'installations pilotes éligibles au Crédit d'Impôt Innovation pour le compte de tiers.
Sans cet agrément, une entreprise qui sous-traite une partie de son innovation ne peut pas inclure ces dépenses externes dans l'assiette de son CII. Contrairement au CIR, dont l'agrément suit deux fenêtres distinctes selon qu'il s'agit d'une première demande ou d'un renouvellement, le CII regroupe les deux cas de figure dans une seule et même échéance annuelle.
Que votre entreprise dépose son dossier pour la première fois ou qu'elle renouvelle un agrément arrivant à échéance, la date limite pour cette année est le 30 septembre 2026.
Seul le contenu du dossier diffère :
Le renouvellement n'est jamais automatique : il suit exactement la même procédure d'instruction qu'une première demande, avec le même niveau d'exigence documentaire.
Contrairement aux échéances de déclaration fiscale, la date limite de l'agrément CII ne dépend pas de la date de clôture de l'entreprise. Le 30 septembre s'applique à tous, quel que soit l'exercice comptable.
Un dossier déposé après le 30 septembre n'est pas rejeté sur le fond, mais il bascule sur le cycle suivant. Concrètement, les dépenses de sous-traitance facturées par le prestataire pendant l'attente ne peuvent pas être intégrées à l'assiette du CII, ce qui peut représenter un manque à gagner significatif sur un exercice entier.
Pour une entreprise qui découvre l'échéance in extremis, la marge de manœuvre est donc étroite : mieux vaut engager la préparation du dossier plusieurs semaines avant la date limite que de le finaliser dans l'urgence.
Un prestataire qui mène à la fois des travaux de R&D et des travaux d'innovation pour le compte d'un même client a souvent besoin des deux agréments à la fois. Il n'est pas nécessaire de mener deux démarches complètement séparées pour y parvenir :
Combiner les deux demandes suppose de respecter la fenêtre la plus contraignante des deux calendriers, celle du CIR, qui se referme le 31 mars, bien avant l'échéance du 30 septembre propre au CII. Un prestataire qui souhaite obtenir les deux agréments dès la même année a donc intérêt à déposer son dossier avant le 31 mars plutôt que d'attendre l'échéance du CII.
Pour l'entreprise donneuse d'ordre, cette articulation compte directement : seules les dépenses facturées par un prestataire agréé pour le dispositif concerné entrent dans l'assiette correspondante. Un sous-traitant agréé uniquement CIR ne permet pas de valoriser la part de ses travaux relevant de l'innovation, et inversement.
La durée de validité de l'agrément, une fois accordé, n'est pas un chiffre unique. Elle dépend de l'ancienneté du prestataire et de son activité de recherche récente, selon une règle qui s'applique de façon identique aux agréments CIR et CII :
Un prestataire qui obtient son agrément CII pour la première fois doit donc anticiper une prochaine échéance dans trois ans, pas cinq, sauf interruption de son activité de recherche l'année précédant sa demande. Ce n'est qu'après plusieurs cycles de renouvellement réussis que l'agrément peut atteindre sa durée maximale.
La durée de cinq ans, souvent citée comme référence pour le CII, ne concerne que les prestataires fidélisés depuis longtemps. Un premier agrément, ou un agrément redemandé après une interruption d'activité de recherche, repart systématiquement sur un cycle plus court, ce qui rapproche d'autant la prochaine échéance du 30 septembre.
Le dossier d'agrément CII repose sur une démonstration technique et organisationnelle, pas sur un simple formulaire administratif. Il doit notamment détailler :
Dans notre pratique, les dossiers refusés le sont rarement pour un motif formel : c'est le plus souvent l'insuffisance de la démonstration technique, ou une description trop générique des travaux, qui fragilise la demande. Une présentation plus complète de la procédure d'agrément CIR et CII détaille les pièces attendues à chaque étape.
Le délai d'instruction d'un dossier d'agrément CII varie fortement selon sa qualité. D'après les délais constatés sur le portail officiel de dépôt, un dossier complet est traité en douze jours seulement dans le meilleur des cas, ou en une vingtaine de jours lorsque l'administration doit échanger avec le prestataire pour obtenir des précisions. À l'inverse, un dossier incomplet ou complexe peut prendre jusqu'à quatre mois à instruire. Cet écart illustre une fois de plus l'intérêt de préparer son dossier bien en amont du 30 septembre plutôt que de le finaliser dans l'urgence.
Le calendrier des agréments CIR et CII ne laisse pas de place à l'approximation. Si votre dossier doit être déposé avant le 30 septembre, contactez nos experts pour un diagnostic gratuit et confidentiel.
Première demande ou renouvellement, l'agrément CII doit être déposé avant le 30 septembre. Délais, dossier à constituer et conséquences d'un retard.
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