Gestion de projet R&D : quelles bonnes pratiques pour le CIR ?

Découvrez les bonnes pratiques de gestion de projet R&D pour mieux structurer vos travaux, conserver les preuves utiles et sécuriser votre dossier CIR.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

Publié le: 07/10/2024

Dernière mise à jour le: 03/06/2026

5 minutes de lecture


Vous pilotez des projets de R&D et déclarez peut-être déjà un CIR, sans doute également un Crédit d'Impôt Recherche (CIR). Malheureusement, vous avez entendu la même remarque : les travaux semblent pertinents, mais le dossier manque de preuves suffisamment solides. Peut-être avez-vous déjà reçu des questions lors d'un contrôle ou constaté qu'il était difficile de retrouver certains éléments plusieurs mois après la réalisation des travaux.

Si vous pilotez déjà des projets de recherche, vous produisez probablement une partie des preuves attendues pour votre CIR. Le problème est que ces preuves sont rarement identifiées, organisées et conservées dans cette optique. Pourtant, un projet R&D bien géré produit naturellement les éléments dont un dossier CIR a besoin.

Lors d'un contrôle, l'administration ne cherche pas un rapport rédigé après coup. Elle cherche à comprendre ce qui a été réalisé pendant le projet : les hypothèses formulées, les essais menés, les décisions prises, les résultats obtenus et les personnes impliquées. Si ces éléments n'existent pas ou sont difficiles à retrouver, le dossier devient plus fragile, même lorsque les travaux étaient réels.

Si vous déclarez un Crédit d'Impôt Recherche (CIR), votre gestion de projet joue donc un rôle direct dans la robustesse de votre justification. Dans cet article, découvrez pourquoi le pilotage de vos projets compte pour le CIR, quels réflexes adopter dès le lancement, quelles preuves conserver et quelles erreurs éviter.

Pourquoi la gestion de projet R&D compte-t-elle aussi pour le CIR ?

Lorsqu'un projet est déclaré au CIR, trois éléments doivent pouvoir être démontrés.

  • La nature des travaux

Le premier concerne la nature des travaux. Vous devez être capable d'expliquer quelle incertitude scientifique ou technique votre équipe cherchait à résoudre. Autrement dit, quel verrou scientifique empêchait d'atteindre l'objectif visé.

  • Les ressources mobilisées

Cela paraît évident, mais il faut démontrer quelles personnes ont participé aux travaux et dans quelles proportions elles l’ont fait. 

Retenez ceci : 

Une simple estimation globale est rarement suffisante. Une traçabilité individuelle est nécessaire.

  • La démarche suivie

Les travaux doivent avoir été conduits de façon méthodique, avec des hypothèses, des expérimentations, des résultats et des décisions documentées.

Ces trois exigences correspondent précisément à ce qu'une bonne gestion de projet R&D produit déjà : des jalons, des comptes rendus, des feuilles de temps, des résultats d'essais et des décisions techniques tracées.

La logique est donc simple et c’est celle-ci qu’il faut absolument adopter : les équipes qui gèrent correctement leurs projets de recherche n'ont généralement pas besoin de "préparer" un dossier CIR au dernier moment. Leur documentation quotidienne constitue déjà l'essentiel des preuves attendues.

Quelles bonnes pratiques adopter dès le lancement du projet ?

n°1 : Formulez la question de recherche dès le kick-off

Chez Myriad, on donne toujours un conseil à nos clients : évitez de définir votre projet uniquement comme un objectif produit ou une fonctionnalité à développer. Si on peut s’en permettre un autre, notez celui-ci quelque part : formulez plutôt une véritable question de recherche.

Au lieu de dire : « Développer la fonctionnalité X », posez une question du type : « Vérifier si l'approche Y permet d'atteindre la performance Z dans les conditions W ».

Cette formulation aide l'équipe à raisonner en termes de recherche plutôt qu'en termes de développement classique.

n°2 : Documentez l'état des connaissances dès le départ

On vous l’a déjà dit, mais ne démarrez pas les travaux sans formaliser les approches existantes et leurs limites.

Notre conseil myriad : Une note synthétique suffit souvent. L'objectif est de montrer pourquoi le projet était nécessaire et pourquoi la solution n'était pas évidente au lancement. 

Cette étape constitue souvent la base d'un bon état de l'art CIR. (On vous guide pas à pas dans cet article). 

n°3 : Désignez un responsable de la documentation R&D

Soyons directs sur ce point : ne laissez pas la documentation devenir une tâche secondaire.

On vous conseille clairement de faire ceci : identifiez une personne chargée de vérifier que les essais, les résultats, les décisions techniques et les changements d'orientation sont correctement enregistrés au fil des semaines.

n°4 : Structurez le projet autour des hypothèses à tester

Ne pilotez pas uniquement le projet en fonction des livrables, mais organisez-le également autour des questions techniques à résoudre.

Chaque phase doit correspondre à une hypothèse de recherche. 

À la fin de cette phase, un compte rendu doit permettre de comprendre ce qui a été testé, ce qui a été observé et ce qui reste à résoudre.

n°5 : Mettez en place un suivi de temps dès le lancement

N'attendez pas plusieurs mois pour reconstruire les temps passés.

Mettez en place dès le démarrage un suivi simple par projet, par collaborateur et par période. Les feuilles de temps sont souvent parmi les premiers documents demandés lors d'un contrôle.

Quels jalons, décisions et essais faut-il documenter ?

Adoptez un réflexe simple : documentez chaque moment où le projet produit de la connaissance ou change de direction.

Conservez notamment les informations suivantes :

  • le démarrage d'une nouvelle hypothèse de recherche ;
  • le résultat d'un essai ou d'une expérimentation ;
  • un changement d'approche technique ;
  • la clôture d'une phase de recherche ;
  • les conclusions tirées d'un test.

À chaque nouvelle hypothèse, notez systématiquement trois éléments :

  • ce qui va être testé ;
  • pourquoi ce test est réalisé ;
  • qui en est responsable.

Conseil Myriad :

N'écartez jamais les résultats négatifs. Pourquoi ? Parce qu’ un essai qui échoue démontre souvent que la solution n'était pas évidente. 

C'est précisément ce qui caractérise un projet de recherche. Les échecs documentés constituent donc souvent des preuves particulièrement utiles.

Exemples de documents à conserver : 

  • un email décrivant un test qui n'a pas fonctionné ;
  • un ticket Jira contenant une analyse technique ;
  • un compte rendu de réunion expliquant un changement d'approche ;
  • une note dans un cahier de laboratoire ;
  • une capture d'écran commentée d'un prototype.

Bon à savoir

Ces documents n'ont pas besoin d'être rédigés pour un auditeur. Ils doivent simplement être datés, attribués et factuels. En revanche, un planning avec des tâches cochées ne documente pas la recherche. Il décrit ce qui était prévu, mais pas ce qui a réellement été réalisé ni appris.

Comment conserver des preuves utiles pour un dossier CIR ?

La question n'est pas seulement de savoir que conserver. Il faut également savoir comment organiser les preuves.

Exemple : Le format importe peu. Vous pouvez conserver :

  • des PDFs ;
  • des emails ;
  • des comptes rendus ;
  • des exports d'outils de gestion de projet ;
  • des feuilles de calcul ;
  • des photos de prototypes ;
  • des cahiers de laboratoire ;
  • des rapports d'essais.

A retenir

Ce qui compte, c'est que les documents soient datés et attribuables à une personne identifiée. Surtout, n'attendez pas la clôture de l'exercice fiscal pour commencer à rassembler les preuves. Créez un dossier dédié à chaque projet R&D et alimentez-le tout au long de l'année.

La charge de travail reste faible lorsqu'elle est répartie sur douze mois. Elle devient souvent très importante lorsqu'elle est concentrée sur les semaines précédant la déclaration.

Exemple d’une preuve utile : 

Une preuve utile répond généralement à trois critères :

  • elle est datée au moment des travaux ;
  • elle identifie clairement les personnes impliquées ;
  • elle décrit ce qui a été tenté et le résultat obtenu.

Pour approfondir ce sujet, consultez notre guide consacré au dossier technique CIR.

Quelles erreurs de pilotage fragilisent la justification d'un projet R&D ?

Erreur n°1 : ne pas structurer le projet

Un projet sans phases identifiables, sans jalons et sans comptes rendus ressemble davantage à un développement continu qu'à une démarche de recherche.

Erreur n°2 : documenter les travaux après coup

C'est l'un des premiers signaux d'alerte lors d'un contrôle.

Si tous les documents sont créés plusieurs mois après les travaux ou juste avant la déclaration, il devient difficile de démontrer leur caractère contemporain.

Erreur n°3 : utiliser des feuilles de temps approximatives

Attribuer des pourcentages forfaitaires sans suivi individuel fragilise la justification des dépenses de personnel.

Les temps doivent pouvoir être reliés à des personnes, à des projets et à des périodes identifiées.

Erreur n°4 : mélanger les activités éligibles et non éligibles

Un même projet peut contenir à la fois des travaux de recherche et des activités de développement standard.

Si cette distinction n'apparaît nulle part dans la documentation du projet, elle sera beaucoup plus difficile à justifier dans le dossier CIR.

Erreur n°5 : ne jamais formaliser l'incertitude technique

Si les documents de projet n'expliquent jamais quelle question scientifique ou technique était posée, le projet peut rapidement être perçu comme une simple mise en œuvre.

Le verrou technique doit apparaître dès le démarrage des travaux, et non être ajouté artificiellement au moment de la déclaration.

Comment Myriad peut-elle vous aider à structurer vos projets et votre dossier ?

Chez Myriad, l'accompagnement ne commence pas au moment de remplir la déclaration CIR.

Nous intervenons également en amont pour analyser les projets en cours, identifier les lacunes documentaires et mettre en place des réflexes de suivi adaptés à votre organisation.

L'objectif n'est pas de produire davantage de documents. L'objectif est de s'assurer que les documents déjà créés pendant le projet deviennent exploitables dans un dossier CIR.

Nous accompagnons également les responsables R&D dans la compréhension des attentes d'un contrôle : quelles preuves conserver, comment formaliser les décisions importantes et comment documenter efficacement les essais réalisés.

Pour les entreprises dont les projets passés ont été insuffisamment documentés, nous aidons à consolider le dossier à partir des éléments réellement disponibles afin de renforcer sa robustesse.

Vous ne savez pas si votre gestion de projet génère aujourd'hui les preuves nécessaires pour défendre votre CIR ? Contactez nos équipes pour faire diagnostiquer votre dossier CIR.

Points clés à retenir

  • Formulez une véritable question de recherche dès le lancement du projet.
  • Documentez l'état des connaissances avant le début des travaux.
  • Tracez les essais réussis comme les essais échoués.
  • Documentez les décisions techniques lorsqu'elles sont prises.
  • Mettez en place un suivi de temps dès le démarrage.
  • Centralisez les preuves tout au long de l'année.
  • Évitez de reconstituer la documentation a posteriori.

FAQ

Pourquoi la gestion de projet R&D est-elle importante pour le CIR ?

Parce qu'elle produit les éléments permettant de démontrer la réalité des travaux de recherche, la participation des équipes et la démarche méthodique suivie pendant le projet.

Quels documents conserver pour justifier un projet de recherche ?

Les comptes rendus de réunion, feuilles de temps, rapports d'essais, emails techniques, tickets Jira, cahiers de laboratoire et toute trace permettant de démontrer les travaux réalisés.

Faut-il conserver les essais qui ont échoué ?

Oui. Les résultats négatifs démontrent souvent que la solution recherchée n'était pas évidente et qu'une véritable incertitude technique existait.

Les outils comme Jira peuvent-ils servir de preuve ?

Oui, à condition que les informations soient datées, attribuées à des personnes identifiées et suffisamment détaillées pour comprendre les travaux réalisés.

Peut-on reconstituer les preuves juste avant la déclaration CIR ?

C'est fortement déconseillé. Les documents les plus crédibles sont ceux qui ont été produits au moment où les travaux ont été réalisés.

Comment distinguer les activités éligibles et non éligibles au CIR ?

Il est recommandé de documenter séparément les activités de recherche et les activités de développement standard afin de pouvoir justifier clairement le périmètre déclaré.

 

Une bonne gestion de projet R&D ne facilite pas seulement le pilotage des travaux. Elle permet aussi de produire, au bon moment, les éléments nécessaires pour justifier votre CIR.

Vous souhaitez vérifier que votre organisation actuelle vous permet de défendre sereinement votre dossier ? Contactez Myriad pour faire diagnostiquer votre dossier CIR.


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