CIR, CII ou subventions : quel dispositif est le plus adapté à votre projet ?

CIR, CII ou subventions : comment choisir le dispositif le plus adapté à votre projet innovant ? Comparaison, critères et bonnes pratiques.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

12/01/2026

5 minutes de lecture


Face à un projet innovant, de nombreux dirigeants se posent plus ou moins la même question : faut-il mobiliser le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), le Crédit d’Impôt Innovation (CII) ou plutôt solliciter des subventions ?

En pratique, il n’existe pas de réponse universelle. Le choix du dispositif dépend étroitement de la nature du projet, de son stade de maturité, du profil de l’entreprise et de ses objectifs financiers. Une lecture comparative des dispositifs permet d’éviter ces écueils.

Quelles différences entre CIR, CII et subventions ?

Avant de comparer les dispositifs, il est essentiel de comprendre qu’ils ne reposent pas sur la même logique.

  • Le CIR est un dispositif fiscal destiné à soutenir la recherche et développement.
  • Le CII vise la conception de produits nouveaux, proches du marché.
  • Les subventions financent des projets ciblés, selon des priorités publiques définies à l’avance.

Les confondre revient à comparer des outils qui ne poursuivent pas les mêmes objectifs.

Quand choisir le Crédit d’Impôt Recherche ?

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) s’adresse aux entreprises qui engagent de véritables travaux de recherche et développement, au sens fiscal du terme. Il ne s’agit pas simplement d’améliorer un produit existant ou d’optimiser un procédé connu, mais bien de faire face à une incertitude scientifique ou technique que l’état de l’art ne permet pas de lever immédiatement.

Autrement dit, le CIR est pertinent lorsque l’entreprise se trouve confrontée à un problème pour lequel aucune solution accessible, documentée ou éprouvée n’existe, et qu’elle doit concevoir, tester et valider de nouvelles hypothèses pour avancer.

Quand le CIR est-il le dispositif le plus adapté ?

Le recours au CIR est particulièrement justifié lorsque plusieurs critères cumulatifs sont réunis :

  • le projet vise à lever un verrou scientifique ou technique. Ce verrou correspond à une difficulté objectivement identifiée, qui ne peut être résolue par la simple application de connaissances existantes. Il peut s’agir, par exemple, de limites physiques, de contraintes mathématiques, de comportements imprévisibles d’un matériau ou encore d’une complexité algorithmique non maîtrisée.
  • aucune solution existante ne permet de répondre au problème posé. Cela suppose que l’entreprise ait analysé l’état de l’art (publications scientifiques, brevets, solutions du marché, normes techniques) et constaté que les connaissances disponibles ne suffisent pas à atteindre l’objectif poursuivi. Ce point est central : si la solution est déjà connue ou directement accessible, le projet sort du champ du CIR.
  • les travaux doivent reposer sur une démarche expérimentale structurée. Le CIR valorise une approche méthodique : formulation d’hypothèses, conception de protocoles, essais, tests, itérations, échecs partiels et ajustements successifs. La recherche peut être fondamentale, appliquée ou expérimentale, mais elle doit toujours s’inscrire dans une logique scientifique démontrable et traçable.
  • Enfin, le résultat du projet est incertain. Contrairement à un projet d’ingénierie classique, l’issue des travaux n’est pas garantie dès le départ. L’entreprise ne sait pas, au lancement du projet, si elle parviendra à lever le verrou identifié, ni quelle solution émergera. Cette incertitude distingue fondamentalement le CIR des dispositifs orientés vers l’innovation incrémentale ou la mise sur le marché.

À retenir 

Le CIR est donc le dispositif le plus pertinent lorsque l’entreprise investit du temps, des compétences et des moyens financiers dans des travaux à haut risque scientifique ou technique, avec un fort niveau d’incertitude, mais aussi un potentiel de création de connaissances nouvelles. 

C’est précisément cette prise de risque que le législateur a souhaité encourager en permettant la prise en charge d’une partie significative des dépenses de R&D par le biais du crédit d’impôt.

Il concerne aussi bien :

  • les start-up technologiques,
  • les PME industrielles,
  • les grands groupes,
  • les entreprises déficitaires ou en phase d’amorçage.

Bon à savoir

L’administration fiscale précise dans le BOFiP que la R&D ne se limite pas au succès du projet : l’échec n’exclut pas l’éligibilité.

Quelles sont les limites du CIR ? 

Le CIR n’est pas adapté :

  • aux projets d’industrialisation,
  • aux améliorations de confort ou d’ergonomie,
  • aux développements purement commerciaux,
  • aux innovations uniquement fonctionnelles sans incertitude technique.

Quand le Crédit d’Impôt Innovation est-il plus pertinent ?

Le CII est souvent perçu comme un dispositif “intermédiaire” entre le CIR et les subventions. En réalité, son périmètre est plus restreint.

Il est défini par l’article 244 quater B, II-k du Code général des impôts
et réservé aux PME au sens communautaire.

Quand le CII est-il le bon choix ?

Le CII est pertinent lorsque :

  • le projet porte sur la conception d’un produit nouveau,
  • le produit présente des performances supérieures ou des fonctionnalités inédites,
  • l’innovation s’apprécie par rapport au marché, et non à l’entreprise,
  • le projet est en phase de prototypage ou d’installation pilote.

Le BOFiP rappelle que la nouveauté doit être démontrée par rapport aux produits existants. 

Quelles sont les limites du CII ?

Le CII n’est pas adapté :

  • aux services purs,
  • aux projets trop en amont (recherche),
  • aux projets déjà industrialisés,
  • aux innovations uniquement organisationnelles ou marketing.

Un projet peut parfaitement être éligible au CIR et non au CII, ou inversement.

Quand choisir les subventions ?

Les subventions (Bpifrance, régions, ADEME, Europe, etc.) obéissent à une logique très différente.

Contrairement aux crédits d’impôt :

  • elles sont attribuées de manière discrétionnaire,
  • elles financent des priorités publiques définies à l’avance,
  • elles sont conditionnées à un dossier de sélection.

Quand privilégier les subventions ?

Les subventions sont particulièrement adaptées lorsque :

  • le projet correspond à une thématique prioritaire (transition écologique, souveraineté, deeptech),
  • l’entreprise a besoin de financement en amont, avant d’engager les dépenses,
  • le projet nécessite un effet de levier pour rassurer des partenaires ou investisseurs.

Elles peuvent prendre la forme :

  • de subventions non remboursables,
  • d’avances remboursables,
  • de prêts à conditions préférentielles.

Limites des subventions

Les subventions impliquent :

  • des délais d’instruction parfois longs,
  • une sélection compétitive,
  • des obligations de reporting strictes,
  • un risque de non-attribution.

Contrairement au CIR et au CII, aucun droit automatique n’existe.

Faut-il choisir un seul dispositif ?

Non. Dans de nombreux cas, les dispositifs sont complémentaires.

Une stratégie efficace repose souvent sur :

  • le CIR pour financer la phase de R&D,
  • le CII pour soutenir la conception du produit,
  • les subventions pour accélérer certaines briques ou sécuriser la trésorerie.

En revanche, une mauvaise articulation peut entraîner :

  • des doubles financements interdits,
  • des incohérences déclaratives,
  • une fragilisation en cas de contrôle.

Quelles sont les erreurs à éviter ?

Beaucoup d’entreprises choisissent un dispositif parce qu’il est “connu”, “rapide” ou “ recommandé”. C’est une erreur. Le bon dispositif est celui qui correspond juridiquement et techniquement au projet, pas celui qui semble le plus simple à activer.

Une analyse préalable avec un conseiller en fiscalité permet :

  • d’identifier le bon outil,
  • d’éviter les refus,
  • de sécuriser la trajectoire de financement.

Les points clés à retenir

  • Le CIR, le CII et les subventions répondent à des logiques différentes.
  • Le choix dépend avant tout de la nature du projet.
  • Le CIR finance la R&D, le CII l’innovation produit, les subventions des priorités publiques.
  • Les dispositifs peuvent être complémentaires, mais doivent être articulés avec méthode.
  • Une mauvaise orientation entraîne des risques juridiques et financiers.
  • Retrouvez nos templates CIR et template CII

Conclusion

Il n’existe pas de dispositif universel pour financer l’innovation. Le bon choix repose sur une lecture fine du projet, de son stade de maturité et de son positionnement par rapport aux critères des textes.
CIR, CII ou subventions ne sont pas des options concurrentes, mais des outils distincts, à mobiliser de manière stratégique. Bien choisis, ils accélèrent un projet ; mal utilisés, ils deviennent une source de complexité inutile.

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