Subventions publiques et CIR / CII : faut-il les déduire de l’assiette ?

« Nous avons perçu plusieurs aides cette année. Est-ce que cela réduit notre CIR ? » C’est une question que les directeurs financiers formulent presque toujours ainsi : « On a sécurisé 500 000 € d’aides publiques. Est-ce que cela va mécaniquement réduire notre Crédit d’Impôt Recherche ? ». Si vous êtes CEO ou CFO d’une entreprise innovante, le sujet n’est pas théorique. Il impacte directement :

• votre prévision de trésorerie
• votre résultat fiscal
• la fiabilité de vos business plans
• votre exposition au risque en cas de contrôle

La réponse est structurée. Elle repose sur un principe simple, mais son application exige une lecture précise des textes et des conventions d’aide.

Quel est le principe juridique applicable ?

Le fondement légal du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est fixé par l’article 244 quater B du Code général des impôts.

La doctrine administrative précise que les subventions publiques doivent être déduites de l’assiette lorsqu’elles financent des dépenses éligibles. Cette position est explicitée dans le BOFiP – Subventions publiques à déduire de l’assiette du CIR.

Le raisonnement de l’administration est constant : une même dépense ne peut pas être financée deux fois par des fonds publics.

Si l’État participe déjà au financement d’une charge via une subvention, il ne peut pas en plus accorder un crédit d’impôt sur cette même base brute.

Pour une direction financière, cela signifie que tout le montant des dépenses R&D ne peut pas être systématiquement pris en compte, si une partie des travaux est financée par une subvention.

Les règles sont-elles différentes pour le CII ?

Non. Le Crédit d’Impôt Innovation suit le même mécanisme de calcul. Les modalités sont détaillées dans le BOFiP - Crédit d’Impôt Innovation.

Qu’il s’agisse :

• d’un projet de recherche scientifique
• d’un développement logiciel comportant des verrous technologiques
• d’un prototype de produit industriel

Le principe de déduction des subventions est identique. Il n’existe pas de régime plus souple pour le CII.

Quelles aides sont concernées ?

Beaucoup d’entreprises pensent uniquement aux aides régionales. En pratique, le périmètre est plus large.

Sont concernées :

• aides des régions, départements et métropoles
• aides de l’ADEME
• aides de l’ANR
• financements européens (FEDER, Horizon Europe)
• aides Bpifrance
• avances remboursables

Le traitement des avances est précisé dans le BOFiP - Subventions et avances remboursables impactant l’assiette du CIR.

En revanche :

• le CIR lui-même n’est pas une subvention à déduire
• le CII n’est pas une subvention à déduire
• les exonérations de charges sociales ne sont pas assimilées à des subventions dans ce calcul

Il ne faut donc pas raisonner par financeur mais par nature de dépenses. Une aide régionale peut ne pas être déductible si elle finance un investissement productif. Une aide nationale peut devoir être déduite si elle finance des travaux de recherche.

La clé d’analyse reste la qualification R&D des charges financées.

Subvention affectée ou non affectée : où se situe le véritable enjeu ?

En contrôle fiscal, la discussion ne porte pas sur l’existence d’une aide. Elle porte sur son affectation.

Une subvention est dite affectée lorsqu’elle finance un projet identifié avec :

• un budget détaillé
• des catégories de coûts
• un calendrier
• un reporting obligatoire

Dans ce cas, la déduction est obligatoire.

L'entreprise A engage 800 000 € de dépenses éligibles au CIR. Elle reçoit 250 000 € d’aide régionale explicitement affectée au projet. L’assiette CIR doit être ramenée à 550 000 €.

Même si la subvention ne couvre qu’une partie des dépenses, la réduction est proportionnelle. À l’inverse, une subvention peut être considérée comme non affectée si elle soutient globalement l’activité de l’entreprise sans fléchage précis.

Exemple : 

Entreprise B perçoit une aide forfaitaire de soutien à l’innovation sans ventilation budgétaire. Elle peut soutenir que l’aide n’est pas directement liée aux dépenses CIR, à condition de pouvoir démontrer l’absence de lien direct.

Dans cette situation, la documentation est déterminante.

Le contrôleur examinera :

• la convention d’aide
• les pièces justificatives
• les livrables exigés
• la cohérence avec le dossier technique

Les aides Bpifrance doivent-elles toujours être déduites ?

Dans la majorité des cas, oui. Les aides Bpifrance sont généralement accordées pour un projet précis avec un budget structuré. Elles sont donc qualifiées d’aides affectées. Il est rare qu’une aide Bpifrance soit totalement dissociée d’un projet identifié.

Pour un CFO, cela signifie que toute aide Bpifrance doit déclencher un réflexe immédiat : vérifier l’impact sur l’assiette CIR ou CII. Juste après l’énumération des types de financements Bpifrance, ajouter :

Il est donc inexact d’affirmer que « les aides Bpifrance doivent être déduites ». Certaines aides Bpifrance n’ont aucun lien avec la R&D au sens fiscal.

La déduction ne s’impose que si la convention d’aide finance des dépenses que l’entreprise a intégrées dans son assiette CIR ou CII.

Si l’aide finance :

• de l’industrialisation
• de la performance énergétique
• de l’investissement matériel
• du développement commercial,
  
  

elle n’a pas à être déduite de l’assiette du crédit d’impôt.

Comment traiter les avances remboursables ?

Le traitement est souvent mal compris. Tant qu’une avance remboursable n’est pas remboursée, elle est assimilée à une subvention.

Elle doit donc être déduite l’année de son encaissement.

Exemple : L’entreprise C reçoit 400 000 € d’avance remboursable pour un projet de recherche. Elle déclare 1 000 000 € de dépenses éligibles au CIR. L’assiette est ramenée à 600 000 € tant que l’avance n’est pas remboursée.

Lorsque l’avance est remboursée, le montant de celle-ci est réintégré dans l’assiette des dépenses éligibles.

À quelle date faut-il déduire la subvention ?

La règle est simple : la doctrine administrative (BOFiP BOI-BIC-RICI-10-10-30-20) précise que cette déduction s'applique dès les premières dépenses engagées sur le projet, jusqu'à concurrence du montant perçu, sans attendre une déclaration ultérieure.

En pratique, les erreurs de rattachement sont fréquentes lorsque les aides sont versées en plusieurs tranches.

Pour un CFO, le risque est de surévaluer le CIR sur un exercice et d’exposer l’entreprise à une reprise ultérieure.

Cas particulier : aide couvrant innovation et industrialisation

Entreprise D développe un nouveau dispositif médical. Elle engage des dépenses de prototype éligibles au CII et des dépenses d’industrialisation non éligibles. Une subvention régionale finance l’ensemble du projet.

Dans ce cas :

• seule la part correspondant aux dépenses de prototype doit être déduite
• la part liée à l’industrialisation ne réduit pas l’assiette

La ventilation doit être rationnelle, documentée et cohérente avec la comptabilité analytique.

Quels sont les risques en cas d’erreur ?

Les subventions sont facilement traçables :

• elles figurent en comptabilité
• elles sont encadrées par des conventions
• elles sont recoupables avec les projets décrits dans le dossier technique

En cas de contrôle fiscal, l’administration peut :

• remettre en cause le crédit d’impôt
• exiger le remboursement des montants perçus
• appliquer des intérêts de retard
• appliquer des pénalités

Les modalités de contrôle sont détaillées dans le BOFiP – Contrôle du crédit d’impôt recherche.

Pour un dirigeant, le risque n’est pas seulement financier. Il est également réputationnel.

Un redressement significatif peut fragiliser :

• la relation avec les investisseurs
• la crédibilité des prévisions financières
• la solidité du plan stratégique

Comment sécuriser votre position ?

Une approche rigoureuse repose sur cinq étapes :

1. Cartographier l’ensemble des aides perçues
2. Analyser chaque convention pour identifier son caractère affecté
3. Mettre en place un suivi analytique précis
4. Assurer la cohérence entre comptabilité, dossier technique et déclarations fiscales
5. Anticiper le raisonnement d’un contrôleur

La question à se poser est simple :“Si l’administration croise nos conventions d’aide avec notre dossier CIR, l’histoire est-elle parfaitement cohérente ?”

Points clés à retenir

• Une subvention publique finançant une dépense éligible doit être déduite de l’assiette CIR ou CII.
• Les règles sont identiques pour le CIR et le CII.
• Les aides Bpifrance sont généralement qualifiées d’aides affectées.
• Les avances remboursables sont assimilées à des subventions tant qu’elles ne sont pas remboursées.
• La déduction s’effectue l’année de l’encaissement.
• Une mauvaise ventilation entre dépenses éligibles et non éligibles est une cause fréquente de redressement.
• La cohérence entre convention d’aide, comptabilité et dossier technique est déterminante.
• Ce n’est pas le guichet de financement qui détermine la déduction, mais la qualification R&D des dépenses financées.
  
  

Le traitement des subventions dans un dossier CIR ou CII n’est pas un détail technique réservé aux fiscalistes. Il s’agit d’un sujet stratégique pour tout CEO ou CFO d’une entreprise innovante. Un crédit d’impôt correctement articulé avec les aides publiques constitue un levier de financement solide et défendable.

Un crédit d’impôt mal structuré peut devenir une source de risque fiscal significatif plusieurs années après son encaissement.

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