Statut JEI : quelles sont les dépenses de R&D prises en compte ?

Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) constitue un levier majeur d’allègement de charges fiscales et sociales pour les entreprises en phase de croissance. Pourtant, de nombreuses demandes sont fragilisées, voire rejetées, en raison d’une mauvaise compréhension des dépenses de R&D prises en compte pour apprécier l’éligibilité au dispositif.

Comprendre précisément quelles dépenses entrent dans le périmètre de la R&D au sens du JEI est donc indispensable pour sécuriser le statut.

Le statut JEI repose- t-il sur une condition de dépenses de R&D ?

Pour bénéficier du statut JEI, une entreprise doit notamment consacrer une part significative de ses charges à des activités de recherche et développement.

Cette condition est prévue par l’article 44 sexies-0 A du Code général des impôts, qui impose que les dépenses de R&D représentent au moins 20 % des charges fiscalement déductibles de l’entreprise au titre de l’exercice depuis le 1er janvier 2025.

Ce seuil est central : il ne s’agit ni d’une moyenne pluriannuelle, ni d’une estimation prospective, mais d’un calcul fondé sur des charges réelles, constatées comptablement.

Qu’entend-on par dépenses de R&D pour le statut JEI ?

Le texte renvoie explicitement à la définition des dépenses de recherche retenues pour le Crédit d’Impôt Recherche.

Autrement dit, les dépenses de R&D prises en compte pour le JEI sont celles mentionnées à l’article 244 quater B du Code général des impôts, et précisées par la doctrine administrative.Ce renvoi a une conséquence importante : toutes les dépenses innovantes ne sont pas des dépenses de R&D au sens fiscal.

Les dépenses de personnel sont-elles le poste central du statut JEI ?

Les dépenses de personnel constituent, dans la majorité des JEI, la part la plus significative des dépenses de R&D.

Sont prises en compte :

• les rémunérations des chercheurs et ingénieurs,
• celles des techniciens directement affectés aux travaux de R&D,
• les charges sociales obligatoires afférentes.

La condition essentielle est l’affectation effective aux travaux de recherche.Un intitulé de poste ne suffit pas : l’administration attend une cohérence entre fonctions exercées, projets menés et temps réellement consacré à la R&D.

Le BOFiP précise que seuls les personnels participant directement aux opérations de recherche peuvent être retenus.

Exemple :
Un développeur affecté à la maintenance ou au support client ne peut être retenu au titre de la R&D, même s’il intervient ponctuellement sur un projet innovant.

Les dotations aux amortissements : un levier souvent sous-estimé dans le statut JEI ?

Les dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la R&D font également partie des dépenses éligibles.

Sont notamment concernées :

• les équipements techniques,
• le matériel informatique dédié,
• les logiciels utilisés pour la recherche,
• les installations expérimentales.

Là encore, l’affectation à la R&D est déterminante : un bien utilisé partiellement doit être proratisé.

Quid des dépenses de sous-traitance R&D ?

Les dépenses confiées à des prestataires externes peuvent être prises en compte, mais uniquement dans certains cas.

Sont éligibles :

• les travaux confiés à des organismes publics ou assimilés,
• les prestations réalisées par des organismes privés agréés CIR,
• certaines collaborations de recherche encadrées contractuellement.

À l’inverse, les prestations de développement courant, de conseil ou d’ingénierie classique sont exclues.

La sous-traitance doit correspondre à de véritables travaux de R&D, et non à une externalisation de compétences ordinaires. (BOI-BIC-RICI-10-10-30)

Quid des frais de veille technologique et de propriété intellectuelle ?

Ces dépenses ne peuvent plus être prises en compte dans les charges R&D pour l’atteinte du seuil de 20% depuis le 1er janvier 2025.

Quelles dépenses sont exclues du calcul JEI ?

De nombreuses dépenses innovantes ne sont pas retenues pour apprécier l’éligibilité au statut JEI.

Sont notamment exclues :

• les dépenses commerciales et marketing,
• les frais de prospection et de communication,
• les dépenses d’industrialisation ou de production,
• les coûts liés à la mise sur le marché,
• les fonctions support (RH, finance, juridique).

Une erreur fréquente consiste à intégrer ces charges dans le calcul du ratio, ce qui fausse l’analyse et expose à une remise en cause du statut.

Et le calcul des 20% ?

Le calcul du ratio de 20 % repose sur :

• des charges fiscalement déductibles,
• des montants cohérents avec la comptabilité,
• une ventilation claire entre R&D et hors R&D.

Toute incohérence entre les comptes annuels, la déclaration fiscale et la justification R&D est susceptible d’attirer l’attention de l’administration, notamment en cas de contrôle URSSAF ou fiscal.

Quels liens entre JEI et CIR ?

Si les définitions de dépenses sont communes, le JEI et le CIR ne se confondent pas.

Une entreprise peut :

• être JEI sans déposer de CIR,
• déposer un CIR sans remplir les conditions du JEI,
• perdre le statut JEI tout en restant éligible au CIR.

Le statut JEI repose sur un ratio, le CIR sur une déclaration de dépenses. Les logiques sont proches, mais les enjeux et les risques diffèrent.

Les points clés à retenir

• Le statut JEI impose un seuil de 20 % de dépenses de R&D.
• Les dépenses retenues sont celles définies pour le CIR.
• Les dépenses de personnel R&D constituent le poste principal.
• Toutes les dépenses innovantes ne sont pas éligibles.
• Une mauvaise qualification peut conduire à la perte du statut JEI.
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Le statut JEI ne repose pas sur une appréciation globale du caractère innovant de l’entreprise, mais sur une lecture strictement fiscale des dépenses de R&D.

Identifier correctement ces dépenses, les documenter et les articuler avec la comptabilité est une condition indispensable pour sécuriser le dispositif. Bien maîtrisé, le statut JEI constitue un avantage structurant ; mal appréhendé, il peut devenir un facteur de risque significatif.

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