Crédit d’Impôt Innovation (CII) : Focus sur l’éligibilité des dépenses de sous-traitance et ses nouveaux enjeux en 2025

Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) est un dispositif fiscal clé pour les PME françaises qui souhaitent accélérer la mise sur le marché de produits innovants. Si ses contours généraux sont désormais bien connus, un aspect spécifique suscite de plus en plus d’attention en 2025 : l’éligibilité et la valorisation des dépenses de sous-traitance. 

Ce point, souvent source d’interrogations et de contrôles, est stratégique pour maximiser le bénéfice du CII tout en sécurisant sa démarche. On vous explique.

Pourquoi la sous-traitance est-elle centrale dans le CII ?

L’innovation produit implique souvent des compétences, des expertises ou des moyens techniques que la PME ne possède pas en interne. 

Recourir à la sous-traitance – pour des études de faisabilité, la conception de prototypes, des essais techniques ou des prestations de design – est donc fréquent, voire incontournable. Le CII permet de valoriser ces dépenses, mais sous conditions strictes.

Dépenses de sous-traitance éligibles au CII : ce que dit la réglementation 2025

Pour être éligibles au CII, les dépenses de sous-traitance doivent répondre à plusieurs critères précis :

• Lien direct avec le projet innovant : la prestation doit concerner la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux, présentant des fonctionnalités, performances ou caractéristiques inédites.

• Nature des prestataires : la sous-traitance peut être confiée à des entreprises, des bureaux d’études ou d’ingénierie, voire à des laboratoires publics ou privés. Depuis 2025, la réglementation insiste sur l’exigence d’agrément pour certains prestataires, notamment pour les prestations techniques ou scientifiques.
• Exclusion des prestations commerciales ou de production : seules les dépenses liées à la phase de conception, d’essai ou de prototypage sont éligibles. Les frais de marketing, de commercialisation ou de fabrication en série sont exclus.
• Non-cumul avec le CIR : une même dépense de sous-traitance ne peut être valorisée à la fois au titre du CII et du Crédit d’Impôt Recherche (CIR).

Nouveautés et points de vigilance en 2025

Voici les nouveautés à connaître sur le CII en 2025. 

1. Réduction du taux et du plafond

Depuis la loi de finances 2025, le taux du CII est passé de 30 % à 20 %, et le plafond de dépenses éligibles reste fixé à 400 000 € par an. Cette évolution oblige les entreprises à optimiser la sélection et la justification de leurs dépenses de sous-traitance pour maximiser l’impact du crédit d’impôt obtenu.

2. Renforcement des contrôles sur la réalité des prestations

L’administration fiscale porte une attention accrue à la traçabilité des prestations sous-traitées. Il est désormais indispensable de fournir :

• Des devis et factures détaillés, précisant la nature exacte des travaux réalisés.
• Des livrables ou rapports techniques démontrant l’apport du sous-traitant au projet innovant.
• La preuve que la prestation n’est pas une simple externalisation de tâches courantes, mais bien une contribution à la création de valeur innovante.

3. Agrément des sous-traitants

Pour certaines prestations, notamment techniques ou scientifiques, l’agrément du prestataire devient un critère déterminant. Cet agrément, délivré par l’État, garantit que le sous-traitant possède les compétences et les moyens nécessaires pour intervenir sur des projets d’innovation éligibles au CII.

Les bonnes pratiques pour optimiser et sécuriser la valorisation des dépenses de sous-traitance

• Anticiper la contractualisation : intégrer dès le départ dans les contrats de sous-traitance des clauses précisant le caractère innovant des travaux, la nature des livrables attendus et la propriété des résultats.
• Documenter chaque étape : conserver tous les échanges, comptes rendus, rapports intermédiaires et finaux, ainsi que les preuves d’exécution des prestations.
• Vérifier l’agrément des prestataires : s’assurer que les sous-traitants techniques ou scientifiques disposent de l’agrément requis, notamment pour les projets complexes ou à fort enjeu technologique.
• Éviter le saupoudrage : privilégier des prestations à forte valeur ajoutée, clairement identifiées et justifiables, plutôt que de multiplier les petits contrats difficiles à défendre en cas de contrôle.

Impact stratégique pour les PME innovantes

La bonne gestion des dépenses de sous-traitance dans le cadre du CII permet :

• D’accéder à des expertises pointues sans alourdir la masse salariale.
• De gagner en agilité et en rapidité de développement sur des projets innovants.
• De sécuriser le montage financier du projet, en maximisant le retour fiscal tout en limitant le risque de redressement.

FAQ – Sous-traitance et Crédit d’Impôt Innovation

Toutes les prestations de sous-traitance sont-elles éligibles au CII ?
Non. Seules les prestations directement liées à la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux sont éligibles. Les prestations commerciales, de production ou de marketing sont exclues.

Faut-il un agrément pour le sous-traitant ?
Pour certaines prestations techniques ou scientifiques, l’agrément du sous-traitant est exigé. Il est recommandé de vérifier ce point avant de contractualiser.

Peut-on valoriser une même prestation au titre du CII et du CIR ?
Non. Une même dépense de sous-traitance ne peut être déclarée qu’une seule fois, soit dans le cadre du CII, soit dans celui du CIR.

Quels justificatifs conserver ?
Devis, factures détaillées, rapports techniques, livrables, échanges de suivi de projet et tout document attestant du caractère innovant de la prestation.

Le taux du CII s’applique-t-il sur la totalité des dépenses de sous-traitance ?
Oui, dans la limite du plafond annuel de 400 000 € de dépenses éligibles pour l’ensemble du projet.

Conclusion

La sous-traitance, souvent incontournable dans les projets innovants, doit aujourd’hui être gérée avec rigueur pour bénéficier pleinement du Crédit d’Impôt Innovation. En 2025, la sécurisation des dépenses, la vérification des agréments et la documentation des travaux sont plus que jamais des facteurs clés de succès. Pour les PME, c’est une opportunité d’accélérer l’innovation tout en maîtrisant les risques fiscaux et financiers.

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