Agréments CIR et CII : quel est l'essentiel à savoir ?

Guide complet sur l'agrément CIR/CII : procédure, structures éligibles, échéances et accompagnement expert pour valoriser vos dépenses de R&D.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

29/12/2025

8 minutes de lecture


"Nos ingénieurs ont déjà du mal à documenter leurs projets de R&D pour le Crédit d’Impôt Recherche. Maintenant, vous me dites qu'on doit aussi obtenir un agrément pour nos sous-traitants ?"

Cette réaction, nous l'entendons régulièrement. L'agrément CIR et CII est pourtant indispensable pour valoriser vos dépenses de sous-traitance. Cependant, l'obtention de ces agréments peut poser un défi administratif considérable.

Ce mini-guide vous propose une approche structurée pour comprendre et sécuriser vos démarches liées aux agréments CIR et CII.

Qu'est-ce qu'un agrément CIR/CII ?

L'agrément CIR et l'agrément CII sont des reconnaissances officielles délivrées par les autorités françaises permettant aux entreprises de revendiquer des crédits d'impôt pour des investissements en R&D et innovation menés par des sous-traitants agréés. Ils sont essentiels pour inclure les dépenses de sous-traitance dans votre assiette fiscale.

L'agrément CIR

Délivré par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche, cet agrément atteste de la capacité des sous-traitants à mener à bien des projets de recherche conformes aux critères du CIR.

L'agrément CII

Émis par la direction générale des entreprises, il confirme qu'une entreprise est apte à développer des prototypes innovants, rendant ses services éligibles au crédit d'impôt innovation.

Quelles structures sont éligibles ?

Seules certaines entités peuvent prétendre à ces agréments, notamment :

  • Les entreprises privées, associations et experts scientifiques doivent démontrer leur aptitude à réaliser des projets de R&D ou d'innovation.
  • Les fondations de coopération scientifique doivent répondre à des exigences strictes en matière de statut juridique.
  • Les organismes publics de recherche bénéficient souvent d'un accès privilégié en raison de leur mission académique.

Comment obtenir l'agrément ?

La demande d'agrément CIR et CII vise à faire reconnaître officiellement la capacité d'un prestataire à réaliser des travaux de R&D ou d'innovation éligibles pour le compte de tiers. Cette procédure est encadrée, exigeante et repose sur une démonstration technique et organisationnelle solide.

1. La préparation d'un dossier technique et administratif complet

La première étape consiste à constituer un dossier détaillé présentant la nature des travaux réalisés, leur caractère de R&D ou d'innovation, ainsi que leur conformité aux critères du CIR ou du CII. Le dossier doit notamment décrire les projets menés, les verrous techniques ou incertitudes traitées, les méthodologies mises en œuvre, ainsi que les compétences scientifiques, techniques et managériales des équipes. Les moyens humains, matériels et organisationnels doivent être clairement identifiés et justifiés.

2. Le dépôt formel de la demande auprès de l'administration

Une fois le dossier finalisé, la demande d'agrément est transmise à l'administration compétente selon les modalités prévues (dépôt dématérialisé ou envoi sur support numérique). Le respect du calendrier, des formats exigés et des pièces justificatives est déterminant pour éviter tout rejet pour irrecevabilité.

3. L'instruction et l'évaluation du dossier par les autorités

Les services instructeurs procèdent à une analyse approfondie du dossier. Ils évaluent la réalité et la nature des travaux déclarés, la capacité du prestataire à mener des projets éligibles et la cohérence globale des éléments fournis. Des demandes de compléments ou de précisions peuvent être formulées, auxquelles il convient de répondre de manière argumentée et documentée.

4. La décision d'agrément et ses conséquences

À l'issue de l'instruction, l'administration notifie sa décision : octroi de l'agrément (généralement pour une durée limitée) ou refus motivé. En cas d'acceptation, le prestataire peut faire bénéficier ses clients du CIR ou du CII sur les dépenses facturées. En cas de refus, l'analyse des motifs permet, le cas échéant, de retravailler le positionnement ou de préparer une future demande plus solide.

Quelles sont les échéances à respecter ?

Il est crucial de respecter les échéances annuelles pour maximiser vos chances d'obtention ou de renouvellement :

  • Première demande d'agrément CIR : entre le 1er janvier et le 31 mars.
  • Renouvellement d'agrément CIR : entre le 15 août et le 30 novembre.
  • Première demande et renouvellement d'agrément CII : avant le 30 septembre.

Pourquoi faire appel à un expert ?

Le financement de l'innovation repose sur des critères techniques, fiscaux et documentaires exigeants, souvent sous-estimés par les entreprises. Faire appel à des experts spécialisés ne consiste pas seulement à "monter un dossier", mais à sécuriser une démarche stratégique à fort enjeu financier.

Voilà concrètement ce que vous apporte une collaboration avec un expert en financement de l'innovation :

Une co-construction du dossier technique et financier

L'expert travaille avec vos équipes pour traduire vos travaux en un dossier rigoureux, conforme aux attentes de l'administration. Les verrous techniques, incertitudes, démarches expérimentales et dépenses éligibles sont formalisés avec précision, dans un langage compréhensible et opposable en cas de contrôle.

Un gain de temps réel pour les équipes dirigeantes et opérationnelles

La préparation d'un dossier CIR, CII ou JEI mobilise rapidement plusieurs dizaines d'heures en interne. En déléguant la structuration, la rédaction et la coordination des démarches, vous permettez à vos équipes de rester concentrées sur le développement produit, la R&D et la croissance de l'entreprise.

Une sécurisation des démarches et des montants déclarés

Grâce à une connaissance fine des textes, de la doctrine administrative et des pratiques de contrôle, l'expert réduit significativement les risques de remise en cause. Les hypothèses sont documentées, les choix justifiés et les zones de fragilité identifiées en amont.

Une optimisation maîtrisée, sans prise de risque excessive

L'objectif n'est pas de maximiser artificiellement les montants, mais de déclarer ce qui est légitimement défendable. L'expert arbitre entre opportunité financière et robustesse du dossier, pour éviter toute exposition inutile lors d'un contrôle fiscal.

Un suivi proactif tout au long du cycle déclaratif

Anticipation des délais, préparation aux éventuelles demandes de l'administration, assistance en cas de rescrit ou de contrôle : l'accompagnement ne s'arrête pas au dépôt du dossier. Vous bénéficiez d'un interlocuteur capable d'absorber la complexité et d'agir rapidement en cas de sollicitation.

Un regard externe et structurant sur vos projets d'innovation

Enfin, l'intervention d'un expert permet souvent de mieux structurer les projets, la documentation interne et les processus R&D. Un bénéfice durable, au-delà du seul dispositif fiscal.

Points clés à retenir

  • L'agrément CIR/CII est obligatoire pour valoriser les dépenses de sous-traitance en R&D et innovation
  • Seules certaines structures sont éligibles : entreprises privées, fondations scientifiques, organismes publics
  • La procédure exige un dossier technique complet démontrant vos capacités en R&D
  • Respectez les échéances : 1er janvier-31 mars pour le CIR, avant le 30 septembre pour le CII
  • Un expert sécurise votre démarche, optimise vos chances de succès et libère du temps pour vos équipes

Une méthodologie structurée permet de sécuriser votre demande d'agrément et de limiter les risques de refus. Vous souhaitez vérifier si vos projets sont éligibles ? Contactez nos experts pour un diagnostic CIR gratuit et confidentiel, ou consultez notre ebook CIR et notre ebook CII.


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